Il monastero italo-bizantino di Grottaferrata, con l’annessa chiesa dedicata alla Vergine Theotokos, è stato edificato sui ruderi di una villa romana dai confratelli di s. Nilo da Rossano, giunti nel 1004 con il loro Maestro sulle colline di Tusculum. Dopo la morte di Nilo (26 settembre 1004), la direzione della comunità passò ai discepoli Cirillo e, poi, Bartolomeo.
Quest’ultimo nel 1024 portò a compimento la costruzione della chiesa, che una tradizione più tarda vuole sia stata consacrata da papa Giovanni XIX.
La fondazione coincide con l’estinzione degli ultimi monasteri greci di Roma, di cui in qualche modo questo monastero può essere considerato l’ideale continuazione, assolvendo così il ruolo storico di “polmone orientale” della Chiesa romana, con la quale esso si è trovato ininterrottamente in comunione gerarchica fino ai nostri giorni.

La comunità monastica ha osservato fin dalla fondazione, e tuttora osserva, il rito italo-bizantino proprio dell’Italia greca. Si rese necessaria perciò la costituzione di un centro scrittorio, che potesse assicurare la produzione, la trasmissione, la conservazione e il rinnovamento dei testi necessari alla formazione culturale e religiosa dei monaci.
Per assicurare l’indipendenza del monastero, Callisto II (1119-1124) lo pose sotto l’immediata dipendenza della Sede Apostolica, garantendogli uno stato giuridico molto simile al privilegio dello stauropegion del diritto bizantino.
Tra alterne vicende, l’Abbazia mantenne questa fisionomia fino al 1462, quando cadde sotto il regime della Commenda, che durò fino agli inizi del XIX secolo.