Durante tale periodo, il monastero e la chiesa subirono
diverse trasformazioni che ne alterarono i tratti in modo irreversibile,
e anche le peculiarità della liturgia e della vita monastica
“bizantine” iniziarono lentamente a deteriorarsi,
fino a richiedere nel 1881 l’intervento pontificio atto
a correggere o ripristinare culto e disciplina orientali.
Per interessamento dei cardinali commendatari – da Bessarione
di Nicea ai Colonna, ai Farnese, ai Barberini, al Guadagni –
lavorarono a Grottaferrata celebri artisti, come gli Zuccari e
il Domenichino, grazie ai quali il complesso abbaziale si configurò
come un’unica grande raccolta artistica.
Con l’annessione di Roma e del Lazio allo Stato unitario,
l’Abbazia venne dichiarata Monumento Nazionale nel 1873,
e la comunità monastica vi rimase quale custode del Monumento
stesso e del suo patrimonio.
Nel 1937 l’Abbazia è stata elevata al rango di Esarcato
e costituita diocesi indipendente, di rito italo-bizantino, con
estensione territoriale che coincide grosso modo con il perimetro
delle mura di cinta. Al suo interno sono stati istituiti un Laboratorio
per il restauro del libro antico, un Ginnasio-liceo parificato,
un Seminario minore, un Museo con antichità greche, romane
e medievali, e soprattutto la celebre Biblioteca che custodisce
un pregevole fondo di manoscritti greci.
